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Fehlerbehebung Beim Header-Lesen Mit Nmrpipe Der Einfache Weg

Fehlerbehebung Beim Header-Lesen Mit Nmrpipe Der Einfache Weg

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In den letzten paar Jahren haben einige unserer Benutzer nmrpipe-Fehler gemeldet, während sie zweifellos den Header gelesen haben.

Aus dem NMR-Wiki

NMRPipe ist ein renommiertes UNIX-Befehlszeilentool zur Verarbeitung von NMR-Daten.

Shell-Befehl

Um in nmrPipe zu investieren, müssen Sie verstehen, wie die Unix-Shell die Keep-Steuerung online richtig interpretiert. Die Kommandozeile akzeptiert Firmen (natürlich).

nmrPipe -fn PS -p0 -0.0 -p1 0.0 -di

Die Shell (das ablehnende LCD-Monitorprogramm, das alle Ihre Eingaben akzeptiert) bricht die Zeichenfolge um Wörter herum mit Leerzeichen (für eine ganze Menge mehr darüber, wie die Shell das wichtigste Tell-It ausführt -to-line, siehe Geschlossen, aber wir werden es vorerst umgehen).

nmrpipe-Probleme beim Lesen des Headers

Die erste Bemerkung ist die Definition der Lösung, die wir ausführen müssen: nmrPipe, die restlichen Wörter sind Parameter, die zusammen mit diesem Programm übergeben werden.

Wenn Sie nmrPipe bereits installiert haben und Ihre großartige Shell “weiß”, dass nmrPipe auf dem Dateimodell ist, wird Seed Covering versuchen, nmrPipe mit den von Ihnen angegebenen Argumenten zu versuchen. d.h. hoffenDas nmrPipe-Programm wird oft in den Speicher geladen und das eine wird installiert, um diese exe-Anweisungen auszuführen.

Eingabe und Ausgabe

Betreten Sie den aktuellen RaumDer nächste Pfad und sehen Sie, wie er an oben erinnert. Du solltest erhalten:

NMRPipe-Fehler: Tödliche Betriebsführung: für das Argument der fehlenden Ideen. Danach nach passenden Lücken suchen "" Zeilenfortsetzung.NMRPipe Fehler beim Öffnen von NMR-Streams.NMRPipe vor Header Null abgebrochen.NMRPipe-Fehlerstatus: 1NMRPipe PS-Funktion

Nicht sehr aufschlussreich, aber es ist gut, die Gründe dafür zu kennen.

Jedes UNIX-Programm hat drei Ströme von durchschnittlichen Daten bis zur Überfälligkeit: reguläre Eingabe (STDIN), Standardaufwand (STDOUT), tägliche Fehlerausgabe (STDERR).

Wenn modernes nmrPipe Daten von unserer unverwechselbaren stdin erwartet, ist es sinnvoll, dass die Schicht Ihre Tastatur standardmäßig mit nmrPipe’s stdin verbindet.

Für nmrPipe sind das jetzt völlig nutzlose Rohdaten. NMR-Aufzeichnungen werden definitiv nie manuell eingegeben. Es gab eine andere Möglichkeit, Beweise direkt an nmrPipe weiterzuleiten, die im nächsten Abschnitt besonders behandelt werden.

Die Standardverarbeitung ist Ihr Standardbildschirm (Terminalausgabe), obwohl es sich im Wesentlichen um einen Standardfehler handelt (ein abgeschnittener Stream, der normalerweise für einen Bericht gekauft wird).

Das Ausführen von

NmrPipe in Vorwärtsrichtung wird auch keine Daten an das Terminal ausgeben, jetzt gibt es wieder einen zusätzlichen Pfad, um Daten von nmrPipe zu erhalten, was wiederum im nächsten Abschnitt besprochen wird.

Dieser Abschnitt hebt die vertraute Ansicht von Standarddatenströmen hervor, die verfügbar sind, um Ihnen bei allen Programmen zu helfen, die in einer Unix-Umgebung ausgeführt werden.

“Echo” ist ein gutes Programm, das für die Anzeige von Standardeingaben und sogar 08/15-Ausgaben gedacht ist. Versuchen Sie es mit der Eingabe

echo

Das “echo”-Programm wurde erfolgreich gestartet. Geben Sie jetzt noch etwas ein, drücken Sie an dieser Stelle die Eingabetaste … Echo ist wahrscheinlich ein sinnvolles, sehr einfaches Programm. Drücken Sie Strg-C zum Beenden.

Echo liest Daten aus Referenzversuchen und sendet sie unverändert an die primäre Ausgabe.

Eingabe und Ausgabe 2.0

Also dachten wir, es könnte tatsächlich einen anderen Weg geben, Beweise zu verarbeiten, die in Unix-Programme ein- und ausgehen (z.B. nmrPipe).

Es gibt Möglichkeiten: miteinander verbunden mit (1) der Verwendung von Dateien, (2) der Nutzung des Systems und (3) der Verwendung einer Kombination dieser Methoden.

Eingabe und Ausgabe mit Dateien

Dateien sind verbleibende persönliche Aufzeichnungen auf Ihrem fast unmöglichen Laufwerk oder einem anderen angegebenen RAM-Gerät.

Hier ist die Empfangsleitung, die den Datenstrom wegen nmrPipe aufnehmen und alles durch nmrPipe leiten wird:

nmrPipe -fn PS -p0 -0.0 -p1 0.0 -di < test.DAT

(Sie erhalten möglicherweise diesen Skill-Fehler, der besagt, dass nmrPipe keine Ausgabe für das Terminal ausgeben kann. Wir werden diese bald beheben.)

Beachten Sie das "<"-Symbol. Wenn box dieses Zeichen abonniert, übersetzt es die Idee rechts davon in einen Dateinamen, zusätzlich zu aktuell dem links davon, dem Punkt, an dem höchstwahrscheinlich ein Befehl ausgeführt wurde.

Jetzt nimmt unsere eigene Shell die Datei für test.DAT und übergibt sie bezüglich nmrPipe.

nmrPipe -fn PS -p0 -0.0 -p1 0.0 -di < test.DAT > Ausgabe.DAT

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  • Dies wird höchstwahrscheinlich nur die Aufgabe erfüllen, eine Nachricht über diesen genauen test.DAT-Inhalt zu geben.

    Wie Sie vielleicht erwarten, protokolliert dieser gesamte Wrapper jetzt die Ausgabe

    nmrPipe -fn PS -p0 -0.0 -p1 0.0 -di < test.DAT

    Eingangs- und Ausgangskanäle jetzt mit (und einigen Dateien)

    Sie möchten nicht immer alles in Dateien speichern. Manchmal ergeben selbstbewusste Arbeiten viele Zwischenergebnisse, und dabei sind sie oft noch sehr frei.hilfreich.

    In diesen speziellen Fällen müssen Sie das Zischen üben. Kanäle verbinden Eingabedaten direkt, um wirklich die Ausgabeströme von Programmen zu durchlaufen, die in der Verarbeitungskette durchlaufen werden. Das Endprodukt des höheren Programms wird darüber mit dem Eingang des äquivalenten niedrigeren Programms verbunden.

    nmrPipe -fn PS -p0 -0.0 -p1 0.0 -di < test.DAT | nmrPipe -fn EXT -x1 7.0ppm -xn 12.5ppm -sw > Ausgabe.DAT

    nmrpipe-Fehler beim Lesen des Headers

    Im Moment erkenne ich das Zeichen "|". Das ist ein Rohr. Es nimmt Ihre Ausgabe von dem, was sich auf Ihrem gerenderten Bild befindet, und gibt es als Inhalt an das weiter, was sich auf Ihrer rechten Seite befindet.

    Jetzt Material fließen lassen: (1) Lodge test.DAT → Anleitung (2) nmrPipe -fn PS -p0 -0.0 -p1 0.0 -di (3) → Richtung nmrPipe -fn EXT -x1 7.0ppm 1 . xn 12,5 ppm - sw → (4) FileOutput.DAT

    Diese Halsketten sind definitiv sehr enorm lang. Dies fügte tatsächlich ein zusätzliches Manöver mit der Umgebung hinzu.

    nmrPipe -fn PS -p0 -0.0 -p1 0.0 -di < test.DAT NmrPipe | -fn POLY -auto NmrPipe | -fn EXT -x1 7,0 ppm -xn 12,5 ppm -sw > Ausgabe.DAT

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